Den BDKJ-Diözesanverband Paderborn bilden 15 BDKJ-Regionalverbände sowie die zehn Jugendverbände. Er wird geleitet vom Diözesanvorstand.In der Diözesanstelle in Paderborn arbeitet ein Team hauptamtlicher Mitarbeiterinnen und Mitarbeiterin mehreren Referaten und Verwaltungsbereichen.
Der BDKJ-Diözesanverband unterstützt die Tätigkeiten seiner neun Jugendverbände und hat die Aufgabe, Interessen von Kindern und Jugendlichen in Kirche, Gesellschaft und Staat zu vertreten.